Er zit nu 2011 jaar tussen de gebeurtenissen van «Planet of the Apes: Prevolution» (10) en «Planet of the Apes: Revolution». Wat er in de tussenliggende jaren is gebeurd, wordt verteld in de volgende bijna 2 minuten durende clip in de vorm van een nieuwsbericht. In slechts 10 jaar tijd werd de mensheid door de Simian Flu Crisis terug naar het stenen tijdperk gekatapulteerd. Zonder functionerende regeringen, zonder voedsel en zonder internet ziet het er niet goed uit voor de mensheid.
Het virus dat tien jaar geleden vrijkwam, heeft het grootste deel van de mensheid weggevaagd, waardoor de weinige overlevenden in stedelijke ruïnes achterblijven die nog over zijn van hun vroegere beschaving. Tijdens een expeditie naar het bos ontmoet een groep onder leiding van Malcom (Jason Clarke) een intelligent apenvolk dat daar leeft onder leiding van Caesar (Andy Serkis). Malcom en Ellie (Keri Russell) beseffen dat zij, net als de mensen, alleen willen verdedigen wat voor hen belangrijk is: hun huis, hun families en hun vrijheid. Samen pleiten ze voor wederzijds begrip en komen ze tot een vredesakkoord, dat echter van korte duur is. Voor Dreyfus (Gary Oldman) zijn de apen verantwoordelijk voor het virus en worden ze daarom tot vijanden verklaard. Hij vindt talloze volgers die geweld niet schuwen. Een laatste schandaal lijkt onvermijdelijk; er zal een strijd volgen die uiteindelijk de suprematie over de aarde zal bepalen.